Hubertshofen zeigt sich heute in seiner dörflichen Struktur als Gemeinde, die sich den Charakter eines Straßendorfs erhalten hat. Die Geschichte beginnt 1352, als ein Bürger aus Bräunlingen die Waldsiedlung Hubertshofen gründete.
Im Jahr 1846 wurde Hubertshofen, das bislang politisch der Stadt Bräunlingen zugehörig war, selbstständig. Wirtschaftliche Grundlage war insbesondere der große Waldbesitz. Die Gemeinde Hubertshofen hat in den Jahren ihrer Selbstständigkeit eine nicht unbedeutende Infrastruktur geschaffen. Die politische Unabhängigkeit endete mit der Eingemeindung im Jahr 1972 nach Donaueschingen.
Die Lage des Ortes als Rodungsinsel inmitten eines geschlossenen Waldgebiets macht den besonderen Reiz des Dorfs aus. Nach Süden und Osten neigt sich die Landschaft und öffnet sich zur Baar hin. An klaren Tagen bietet sich von Hubertshofen aus ein überwältigender Blick von der Schwäbischen Alb im Nordosten mit dem charakteristischen Klippeneck bis hin zu der Gebirgskette der Schweizer Alpen im Süden. Am westlichen Rand des Stadtgebiets Donaueschingen gelegen ist Hubertshofen geologisch gesehen dem sogenannten Baar-Schwarzwald zuzuordnen. Charakteristisch für den Baar-Schwarzwald sind die hier vorherrschenden Buntsandsteinschichten.
Bis weit in das 20. Jahrhundert war das Dorf von der Land- und Forstwirtschaft geprägt. Es existierten aber auch einige handwerkliche Kleinbetriebe wie Schuhmacher, Wagner, Schmied und Weber. Mit der Industrialisierung vollzog sich auch in Hubertshofen ein Strukturwandel. Um mit den Einkünften der Landwirtschaft weiter existieren zu können, war man durch die Preisentwicklung gezwungen, seinen Betrieb zu vergrößern oder aufzugeben. Dies führte dazu, dass zahlreiche Landwirte ihren Hof verkleinerten oder gar aufgaben. Nunmehr bezogen sie ihren Haupterwerb aus einer Beschäftigung in einem der Industriebetriebe der Region. Heute bestehen in Hubertshofen noch drei landwirtschaftliche Nebenerwerbsbetriebe. Nur ein Hof wird noch als Vollerwerbsbetrieb geführt.
So entwickelte sich das inzwischen auf 404 Einwohner angewachsene Dorf mehr und mehr zu einer dörflich geprägten Wohngemeinde. Die Struktur als Straßendorf ist erhalten geblieben. Mit der Eingemeindung nach Donaueschingen wurde die Infrastruktur durch zahlreiche Investitionen verbessert. Die Straßen und Plätze sind in den vergangenen zehn Jahren saniert bzw. neu gestaltet worden. Ein neues Wohngebiet liegt am Dorfrand. Ein Mischgebiet für die Entwicklung von Gewerbebetrieben ist ausgewiesen. Die Anbindung an den öffentlichen Nahverkehr erfolgt mit dem Schulbus.
Ein reges Vereins- und Kulturleben bildet die gesunde Basis für das Miteinander der Bürgerinnen und Bürger des Orts. Die Vereine haben durch zahlreiche Arbeitseinsätze einen großen Beitrag zur Umgestaltung des Schulhauses zum Bürgerhaus geleistet. Das im Jahr 2000 eingeweihte Bürgerhaus wird gerne von Vereinen und Bürgern für Aktivitäten und Festlichkeiten genutzt.
Mit der erfolgreichen Teilnahme am Kreiswettbewerb "Unser Dorf soll schöner werden" hat Hubertshofen im Jahr 2001 überregional auf sich aufmerksam gemacht. Das Bewusstsein in der Bevölkerung, dass ein intaktes dörfliches Umfeld die Lebensqualität des Einzelnen und der Gemeinschaft fördert, konnte dadurch sensibilisiert werden.